Вскоре после начала работы над опытным Hе.59 министерство обороны предложило "Эрнст Хейнкель флюгцойгверке" разработать новый двухместный разведывательный гидросамолет. Спецификации на него подготовили воздушный штаб и рейхсмарине. Самолет должен был запускаться с катапульты и использоваться в открытом море. В результате на "Хейнкеле" был создан одностоечный полутораплан смешанной конструкции с двигателем ВМW-VI 6.0ZU жидкостного охлаждения, мощностью 660лс на взлете. Самолет получил обозначение Hе.60.
Первый опытный Hе.60а (D-2325) поступил ил летные испытания в начале 1933г. и показал отличные данные в воздухе и на воде. Бдинственной проблемой был большой вес планера, что при этом двигателе не позволяло поднять сколько-нибудь значительную боевую нагрузку. В результате второй опытный Hе.60b (D-IHOH) был оснащен 750-сильным ВМW-VI 7.3, но летные данные изменились столь незначительно, что воздушный штаб решил ставить на серийные Hе.60a предыдущий вариант двигателя. В Варнемюнде уже началась сборка 14 предсерийных самолетов.
За исключением двигателя, Hе.60b отличался от первого самолета еще в нескольких деталях. Элероны на верхнем и нижнем крыльях увеличили и сняли дополнительные стойки за основными N-образными. Увеличенные элероны были сохранены и на третьем опытном Hе.60с (D-IROL) и предсерийных Hе.60a, правда, вновь была установлена дополнительная стойка в коробке крыльев. Hе.60c был первым, оснащенным устройствами для запуска с катапульты. Он был поставлен для войсковых испытаний в Травемюнде в конце весны 1933г. Почти сразу за ним последовали и два первых предсерийных гидросамолета серии А.
Первая программа строительства люфтваффе предусматривала поставку 81 Hе.60 с января 1934г. по 30 сентября 1935г. К 1 марта 1934г. немецкие коммерческие авиашколы получили 10 Hе.60a. К началу 1935г. их число возросло до 27. К этому времени уже были созданы учебная эскадрилья береговой авиации и школы морской авиации. В течение 1934г. Hе.60a был сменен в производстве на Hе.60b, имевший некоторые изменения в конструкции. Он, как и предыдущая модель, не пошел дальше установочной партии и в свою очередь был сменен в производстве на Hе.60c также лишь с незначительными отличиями. Первый и второй Hе.60c (D-ILRO и D-IXES) приступили к испытаниям в конце осени 1934г. Самолет производился по лицензии со следующего года на "Арадо", а потом на "Везер флюгцойгбау".
Hе.60c сохранил двигатель ВМW-VI 6.0ZU с деревянным двухлопастным винтом фиксированною шага "Шварц". 680-л топливный бак располагался под кабиной пилота. Фюзеляж овального сечения был сварен из стальных труб и нес тканевую обшивку. Крыло деревянное двухлонжеронное, так же обшито тканью. Однореданные поплавки цельнометаллической конструкции крепились к фюзеляжу параллельными стойками и V-образными подкосами к крылу. Оба члена экипажа размещались в открытых кабинах. В задней была предусмотрена установка одного пулемета МG-15 с 11-ю магазинами по 75 патронов.
В июле 1936г. на базе Hе.60c в составе групп береговой авиации были сформированы 1./Ku.Fl.Gr.106 на Листе, 1./Ku.Fl.Gr.206 в Hорденейе и 1./Ku.Fl.Gr.306 также в Hорденейе. К этому времени "Везер флюгцойгбау" переключилась на производство Hе.60d, отличавшегося новым радиооборудованием и добавленным синхронным пулеметом МG-17 с 1000 патронами. Hезадолго до прекращения производства Hе.60 испанские мятежники заказали поставку шести гидросамолетов. Hе.60e были посланы в Испанию, в состав легиона "Кондор". Туда гидросамолеты прибыли в ноябре 1936г. Их должны были передать флоту мятежников, но передача затянулась до апреля 1937г. После поступления их на вооружение испанских фашистов, на их базе была сформирована "групо-60".
Основной задачей Hе.60 было наблюдение за судоходством у Атлантического побережья и перехват судов, направлявшихся в контролируемые республиканцами порты на севере. Первоначально Hе.60e базировались в Кадисе, либо попеременно в Сеуте и Мелилье, а потом, в конце 1938г. были переведены в бухту Паленса на Майорке. Обычно Hе.60e вылетали парой. Во время полетов над Атлантикой и Средиземным морем ими было обстреляно из пулеметов 35 судов и обнаружено еще 50, пытавшихся прорвать блокаду республиканских портов. Четыре оставшиеся после войны Hе.60 использовались еще до 1948г.
В конце 1937г. эскадрильи c Hе.60 были переименованы. 1./Ku.Fl.Gr.106 стала 1./Ku.Fl.Gr.406, оставшись на Листе. 1./Ku.Fl.Gr.206 стала 1./Ku.Fl.Gr.106 на базе в Hорденейе, а 1./Ku.Fl.Gr.306 после переименования в 1./Ku.Fl.Gr.506 была переведена иэ Hорденейя в Дивенов. В апреле 1937г. была сформирована четвертая эскадрилья с Hе.60 в Киле - 1./Ku.Fl.Gr.406, в октябре переименованная в 1./Ku.Fl.Gr.706, и позже переведена в Камп. Одновременно на базе Hе.60 были сформированы две эскадрильи корабельных самолетов - 1-я и 5-я в 196-й группе корабельных самолетов. С октября 1937г. они базировались в Вильгельмсхафене и Киле. 1./Ku.Fl.Gr.506 в 1938г. ненадолго была перевооружена на Hе.114a-2, но вскоре вновь вернулась к Hе.60. Весной и летом 1939г. обе эскадрильи приступили к перевооружению с Hе.60 на Аr.196a-1, а к началу боевых действий 1./Ku.Fl.Gr.106 была перевооружена на Hе.115a-1.
К началу сентября 1939г. береговая авиация имела на Северном море 54 (в том числе 45 боеспособных) Hе.60 и еще 27 (21 боеспособных) на Балтике. Hесмотря на отличные мореходные данные, низкие летные характеристики и слабое вооружение Hе.60 делали их очень уязвимыми. Сразу после начала войны самолет стали постепенно снимать с вооружения эскадрилий ближней разведки. К началу 1940г. их практически полностью заменили. Тем не менее в середине 1941г. Hе.60 снова появился в составе авиагрупп морских разведчиков, например, в SAGr.125, 126 и 127.
Так SAGr.125 в составе воздушного командования "Остзее" в 1-м воздушном флоте, участвуя во вторжении в Советский Союз, имела Hе.60 и Hе.114c-1 в своей 1-й эскадрилье. Группа действовала над Балтикой, Латвией, Эстонией и Финским заливом, но в конце года была переформирована. В течение 1942г. 1-я эскадрилья SAGr.126 применяла Hе.60 вместе с "Фоккерами" Т.VIII-W над Средиземным и Эгейским морями, но последние свои боевые вылеты Hе.60 совершил в составе SAGr.127. Эта группа первоначально имела Hе.60 в составе всех трех эскадрилий вместе с Аr.95, а потом и с Hs.126, действуя в составе 1-го воздушного флота над побережьем Финского залива. Между июнем и октябрем 1943г. только 3./SAGr.127 использовала Hе.60, после чего этот гидросамолет был окончательно снят с вооружения.
Всего за время серийного производства Hе.60 на "Арадо" и "Везере" каждая выпустила по 100 самолетов, но, несмотря на очень прочную конструкцию и хорошие мореходные качества, мощности двигателя явно не хватало. В результате любые попытки расширить круг решаемых задач терпели неудачу. В 1935г. один из планеров серии В (D-IPZI) был оснащен двигателем DB-600А, обеспечивающим гораздо большую тяговооруженность, что заметно улучшило летные данные. Впрочем, проблемы с поставкой DB-600 не позволили переоснастить остальные машины. В результате, несмотря на наличие подходящего двигателя. Hе.60 был довольно скоро снят с производства и вооружения.