Для обеспечения заданной ТТТ дальности полета в начале 80-х гг. был подготовлен проект варианта истребителя с большим запасом горючего - в увеличенном гроте за кабиной летчика планировалось разместить дополнительный (╚накладной╩) бак, одновременно(для выполнения перегоночных полетов) топливная система дорабатывалась для применения двух подкрыльевых подвесных баков емкостью по 1150 л. Правда, при их установке скорость самолета ограничивалась 850 км/ч (М=0.8).

Другим требованием, предъявлявшимся к ЛФИ, было оснащение его встроенной системой радиоэлектронного противодействия (РЭП). Разработка такой системы задерживалась, и первые серийные МиГ-29 никаких средств обороны не имели (не было еще и блоков отстрела тепловых ловушек). К середине 80-х гг. станцию помех ╚Гардения╩ удалось довести до работоспособного состояния, однако свободные объемы, необходимые для ее внутреннего размещения на МиГ-29 типа ╚9-12╩ отсутствовали (разработчики Су-27 сразу ориентировались на применение подвесных систем РЭП, что позволяло оснащать такой аппаратурой самолеты всех модификаций без доработки конструкции). В связи с этим решено было отказаться от установки накладного бака, а в оставшемся от него расширенном гроте за кабиной разместить станцию помех. Для увеличения дальности полета на данном этапе удалось только несколько перекомпоновать фюзеляжный бак ╧1 (его емкость возросла на 240 л) и обеспечить применение подкрыльевых ПТБ. На верхней поверхности крыла самолета перед форкилями наконец должны были занять свое место и блоки выброса пассивных помех БВП-30-26М, опробованные на опытных МиГ-29 ╧917 и ╧925. Доработанный истребитель с аппаратурой помех и возросшим запасом топлива сохранил прежнее название МиГ-29 без добавления какого-либо индекса, а для его отличия использовался новый шифр - изд. ╚9-13╩. Внешними особенностями этого самолета по сравнению с МиГ-29 типа ╚9-12╩ стали характерная ╚горбатая╩ форма грота за кабиной летчика и новые обводы законцовок крыла, в которых разместили антенны станции РЭП.

Прототипом модифицированного истребителя стал самолет МиГ-29 ╧406, переоборудованный из серийного МиГ-29 ╧0406, совершившего к моменту доработки 43 полета. 18 апреля 1984 г. самолет ╧406 был перебазирован на аэродром, а первый вылет его состоялся 4 мая 1984 г. В ходе летных испытаний оценивалось изменение характеристик устойчивости и управляемости самолета с увеличенным гротом, блоками выброса помех на крыле перед килями и без под-фюзеляжных гребней. С 1985 г. машина принимала участие в отработке комплекса радиоэлектронного противодействия МиГ-29 типа ╚9-13╩, а позднее - и последующих модификаций истребителя. Большая часть испытаний проводилась в ГК НИИ ВВС в Ах-тубинске. К 13 апреля 1993 г. МиГ-29 ╧406 совершил 424 полета.

В серийное производство на МАПО им. П.В.Дементьева МиГ-29 типа ╚9-13╩ был запущен в 1986 г. и вскоре сменил в стапелях МиГ-29 типа ╚9-12╩, выпускавшиеся для ВВС Советского Союза (такие машины стали строиться только на экспорт). Эталоном для серийных самолетов типа ╚9-13╩ стал МиГ-29 ╧1616 (бортовой ╧26). В конце 1986 г. после выполнения 98 полетов эта машина поступила на ММЗ им. А.И.Микояна для доработок и оснащения КЗА. Облет усовершенствованного самолета состоялся 5 января 1987 г., после чего на нем проводились испытания по определению характеристик устойчивости и управляемости истребителя с подвесными топливными баками и модернизированной системой управления. В феврале 1991 г. МиГ-29 ╧1616 прошел доработку под двигатель РД-ЗЗК. 4 декабря 1992 г. на нем был выполнен 488-й полет, а затем он использовался для наземной отработки нового двигателя. Сейчас эта машина находится в экспозиции Центрального музея Великой Отечественной войны (Мемориала Победы) на Поклонной горе в Москве.

Внутренний запас топлива на МиГ-29 типа ╚9-13╩ увеличился до 4540 л, в случае подвески трех ПТБ (одного подфюзеляжного и двух подкрыльевых) полный запас горючего превысил 8300 л, при этом максимальная дальность полета достигла 2900 км.

Помимо перечисленных доработок на МиГ-29 типа ╚9-13╩ несколько расширили номенклатуру и увеличили максимальную массу подвешиваемого неуправляемого вооружения. Стало возможным применять контейнеры малых грузов типа КМГ-У с блоками БКФ, содержащими осколочные и противотанковые бомбы и мины калибра 0.5-2.5 кг, а число одновременно подвешиваемых на самолет авиабомб калибра 500 кг увеличилось до шести (на две внутренние подкрыльевые точки стали устанавливать многозамковые балочные держатели МБДЗ-У2Т-1, на которые можно было подвешивать по схеме ╚тандем╩ две ФАБ-500М54). При этом максимальная масса боевой нагрузки возросла до 3200 кг (шесть ФАБ-500 и две Р-73 или Р-60М), а максимальная взлетная масса самолета - до 18480 кг.

Приоритет при поступлении МиГ-29 в войска отдавался округам, которые противостояли группировкам НАТО в Европе.  Машинами модификации "9-13" вооружили входивший в 14-ю воздушную армии армию 92-й ИАП в Мукачево (Прикарпатском ВО). В 1987 г. в связи с переходом на МиГ-29, 35-й авиационный полк истребителей-бомбардировщиков (АПИБ) вновь стал истребительным. Он размещался на аэродроме Цербст и входил в 126-ю Краснознаменную ГИАД 16-й ВА. При возвращении в истребители 2-я эскадрилья приняла- шестнадцать "9-13".

Несмотря на то, что МиГ-29 мало подходил на роль ударной машины, его получали и полки истребительно-бомбардировочной авиации (ИБА). В середине 1980-х гг. обменял свои МиГ-27 на самолеты "9-13" входящий в 48-ю ВА (ОдВО) 642-й АПИБ. Принял МиГ-29 и 927-й Кенигсбергский АПИБ из Березы-Карпусской, что в Белоруссии.

После распада СССР примерно 2/3 всего парка МиГ-29 находилось за пределами России, которая в 1992 г. располагала около 300 МиГ-29, в основном, "9-13". Этот парк пополнился, главным образом, за счет возвращения самолетов из Европы и бывших союзных республик. Так, в 1992 г был выведен из Грузии в Багай-Барановку (Саратовская обл.) и вскоре расформирован 176-й ГИАП. На 1995 г. в ВВС РФ насчитывалось уже 410 МиГ-29, из них около 60 спарок. Еще 47 машин этого типа было у моряков. Но дальше количество "девяток" в частях начало неуклонно сокращаться. После объединения в 1998г. ВВС и ПВО их осталось 315, а на 2001 г. - всего 260, и место наиболее массового истребителя занял Су-27 (340 машин в строю). Самолеты, полученные после 1992 г., направлялись и на перевооружение частей, эксплуатировавших устаревшую технику. МиГ-29 появились в 960-м ИАП, сформированном в начале 1990-х гг. на кубанском аэродроме Приморско-Ахтарск Северо-Кавказского ВО (ранее этот полк был учебным и летал на L-39). 120-й ИАП 23-й ВА из забайкальской Домны в начале 1993 г. перевооружился с МиГ-23МЛД на самолеты "9-12", "9-13" и "9-51" из 176-го ГИАП. В 1998г. он получил еще и титулы расформированного 125-го ОРАП и стал именоваться Брестским ордена Кутузова 120-м ГИАП.

В мае 1989 г последовал довольно неожиданный контракт на поставки МиГ-29 в КНДР. Несмотря на политику "чучхе" (помоги себе сам), эта страна стала единственным зарубежным получателем самолетов в варианте "9-13" (хотя часть в партии из 30 машин составили обычные "9-12"Б). Забавным моментом сделки было то, что с началом поставок МиГов Ким Ир Сену в Луховицах вдруг появились телевизоры, видеомагнитофоны и другие штучки южнокорейского производства, заметно оживившие скучные полки местных магазинов.