Первый полет прототипа состоялся 4 марта 2010 года. А в 2012 году этот новый самолет франко-итальянского производства получил сертификат Европейского агентства по авиационной безопасности (EASA). Выдача агентством этого документа обозначает окончание серии наземных и воздушных испытаний, которые проводились на опытном образце воздушного судна. Успешное получение сертификата, по заявлению пресс-службы компании ATR, подтверждает серьезные намерения авиапроизводителя удерживать рынок производства 50-местных воздушных судов, на котором компания сегодня является ведущим игроком.

Для ATR 42-600 при прохождении испытаний большим преимуществом стало его сходство с предыдущей новинкой компании, самолетом ATR 72-600, который успешно прошел испытания в мае 2011 года. Благодаря этому сходству, на ATR 42-600 тестировались лишь принципиально новые системы и оборудование, установленное на борту: новая модель "стеклянной кабины", авионика с пятью жидкокристаллическими экранами, средства связи, системы навигации, мониторинга, и управления полетом. Кроме того, тесты успешно прошли автопилот, система оповещения и многофункциональный компьютер.

Процесс сертификации затрагивает новые функциональные особенности автопилота, которые включают в себя функцию захода на посадку по характеристикам курсового маяка с вертикальным наведением (LPV), систему захода на посадку по методике RNP-AR 0.3 и систему захода на посадку с навигацией в вертикальной плоскости (V-NAV). Эти новшества позволят самолетам ATR выполнять более точные и более безопасные заходы на посадку за счет спутниковой навигации без использования сигналов наземных навигационных радиомаяков, а также позволят снизить рабочую нагрузку на пилотов. Новые функции войдут в состав комплекта авионики версии Standard 2 для самолетов ATR 42-600.

Система LPV представляет собой функциональную особенность бортовой автоматики, позволяющую выполнять процедуру захода на посадку, используя информацию GPS от геостационарных спутников без сигналов наземных радиомаяков. Данная функция будет особенно полезна при выполнении полетов на те аэродромы, которые не оснащены системами инструментального захода на посадку (ILS).

Методика навигации RNP-AR 0.3 позволяет авиалайнеру выдерживать траекторию полета с более высокой точностью, что особенно актуально для труднодоступных аэропортов, расположенных в гористой местности. По сравнению с методикой зональной навигации (RNAV) метод RNP-AR 0.3 отличается уменьшенными минимумами захода на посадку. Кроме того, данная методика используется в аэропортах с высокой плотностью движения и в целях снижения шума на местности.

Функция V-NAV, объединенная с автопилотом, обеспечивает выдерживание вертикального профиля полета, рассчитываемого бортовым компьютером (FMS). В результате снижение и заход самолета на посадку происходит по более точной траектории, что значительно снижает риски столкновения с препятствиями и обеспечивает снижение рабочей нагрузки на пилотов на данном этапе полета.

Самолет ATR 42-600 вмещает до 50 пассажиров. Пассажирский салон имеет повышенный уровень комфорта, с улучшенной звукоизоляцией и виброзащитой. В современном просторном салоне типа "Armonia" с надежной звукоизоляцией расположены комфортабельные кресла, LED освещение и просторные багажные полки. В качестве вариантов предлагается улучшенная отделка (Elegance Cabin) и установка развлекательного медиацентра. Данное воздушное судно сочетает в себе высокую топливную эффективность и низкий уровень эксплуатационных расходов.

Как и вся техника франко-итальянской ATR, самолеты серии 600 отличаются универсальностью и способностью адаптироваться даже к самым сложным взлетно-посадочным полосам (коротким, узким, грунтовым, и т.д.), что позволяет их эксплуатировать в самых разных условиях. На сегодняшний день самолеты ATR являются единственными турбовинтовыми машинами, получившими сертификат ETOPS 120, подтверждающий, что данные самолеты способны выполнять полет с одним работающим двигателем на протяжении не менее 120 минут, в том числе над поверхностью воды.

Первой авиакомпанией, начавшей коммерческую эксплуатацию самолета ATR 42-600, станет танзанийская авиакомпания Precision Air Tanzania, 9 ноября 2012 годаf состоялась официальная церемония передачи лайнера, первого из четырех заказанных перевозчиком в декабре 2011 года.