Перехватчики Су-15 и Як-28П несли ракеты К-98 (изделие 56) - исключительный случай унификации вооружения в авиации ПВО. Управляемые ракеты К-98 в вариантах Р-98Р и Р-98Т являлись развитием ракеты Р-8 с повышенной энерговооруженностью, надежностью и помехозащищенностью - оснащение самолетов противника системами РЭБ сделало это требование первоочередным. Согласно заданию, комплекс создавался ОКБ-4 "для модернизации Су-11-8М" и должен был обеспечить возможности перехвата в большом диапазоне скоростей и высот, в том числе малых, а также в передней полусфере.

Первоначально ракеты именовались К-8М-2, на вооружение они были приняты постановлением от 30 апреля 1965 года в комплексе перехвата Су-15-98 под наименованием Р-98 (комплекс на базе Як-28П, не полностью удовлетворявший военных, так и не дождался официального принятия на вооружение, хотя и поступил в эксплуатацию). РГСН этих ракет была сопряжена с установленной на перехватчиках РЛС РП-15 "Орел-Д" и РП-15М "Орел-Д58М" с улучшенной помехозащищенностью. Комплекс мог взаимодействовать с системой "Воздух-1М" и обеспечивал перехват целей, летящих со скоростями от 500 до 3000 км/ч на высотах от 50 до 23000 м с превышением 3-5 км, в передней полусфере на дальностях от 3 до 18 км и в задней - от 2 до 14 км - днем и ночью при любой погоде, что вызвало появление излюбленного журналистами названия "всепогодный истребитель-перехватчик".

Справедливость такого определения Су-15 полностью подтвердил - именно ракетами Р-98 в сложных метеоусловиях и ночью были сбиты южнокорейские "Боинги" в 1978 и 1983 г.г. Первый из них ракета поразила в облаках над Кольским полуостровом и поврежденный самолет смог произвести вынужденную посадку (причем в горячке атаки пилот Су-15, видевший "Боинг-707" только на экране РЛС, выпустил и оставшуюся ракету по "отделившейся второй цели" - отломившейся консоли крыла нарушителя). По второму - "Боингу-747" - обе ракеты, тепловая и "радийная", были выпущены с расстояния 11 км ночью, поразили фюзеляж и один из двигателей, и самолет с 289 пассажирами рухнул в воду у побережья Сахалина.

В ходе совершенствования комплекса вооружения Су-15 он был оснащен новой РЛС "Тайфун-М" (РП-26) и ракетами К-98М с увеличенной дальностью и защищенностью от помех. Диапазон перехвата по высоте полета целей расширился с 500 до 24000 м, по скорости - до 2500 км/ч, вдвое возросла дальность пуска Р-98МР. Комплекс Су-15-98М приняли на вооружение постановлением от 21 января 1975 года. На Су-15 ракеты подвешивались на ПУ-1-8, на Су-15ТМ - на унифицированных ПУ-2-8, позволявших использовать также НАР и бомбы.

Ракеты К-98 состояли на вооружении СССР, Болгарии, Румынии, Польши, ГДР, Венгрии и Чехословакии.