Работы по программе торпеды Mk 46 были начаты в 1960 году для замены устаревшей Mk 44. Создание Mk 46 продвигалось с высокой скоростью, и в 1967 году торпеда Mk 46 Mod 0 была принята на вооружение.

Торпеды Mk 46 Mod 0 отличались от остальных вариантов твердотопливным двигателем, большей длиной (2,667 м) и весом (257,6 кг).

После сброса, торпеда спускалась на парашюте, который отстреливался после входа в воду. За тем Mk 46 начинала поиск цели двигаясь по спирали. Система наведения способна обнаруживать цели на дальности до 595 м. После обнаружения цели, торпеда начинает сбижение с целью. В случае неудачной атаки, система наведения позволяет провести повторную атаку.

В 1967 г. были начаты работы по модернизации. Торпеда Mk 46 Mod 1 получила однокомпонентный двигатель фирмы Otto. На вооружение Mk 46 Mod 1 была принята в 1972 г. Все торпеды Mk 46 Mod 0 в 1975 г. были доработаны до варианта Mod 1.

Так же торпеда Mk 46 Mod 4 используется в мине Mk 60 CAPTOR.