ВВС Нигерии были созданы в 1962 году. Контракт на помощь в организации ВВС в 1963 году получила ФРГ, специалисты которой и заложили основы структуры и организации ВВС в Нигерии, наладили систему снабжения и обучения, поставили первое поколение самолетов. В 1964 году постановление о ВВС от 1964 года закрепило появление военной авиации в Нигерии (Nigerian Air Force, NAF). К началу 1990-х годов Нигерия обладала вторым военно- воздушным флотом в Тропической Африке, уступая только ЮАР.

В 1988 году ВВС было разделено на 4 специализированных командования - Тактическая группа (Tactical air, со штабом в Макурди), Центр подготовки личного состава (Training, располагается в Кадуне), Военно- транспортные грузовые самолеты (Logistics, Икеджа, Лагос), Перевозка личного состава (Airlift, Ибадан). В стране находится около 15 крупных баз ВВС. Самые важные - в Кадуне, Кано, Лагосе, Майдугури, Макурди, Бенин-Сити, Порт- Харкорте и Калабаре. Планируется восстановление базы в Энугу (82-ая парашютно-десантная дивизия).

Примерная структура распределения самолетов и вертолетов выглядит следующим образом.

ВВС: 

• Эскадрилья истребителей ПВО, оснащенных МиГ-21 и МиГ-23, Кано - Первая тактическая эскадрилья, оснащенная самолетами Alpha Jet, базируется в Макурди 
• Вторая тактическая эскадрилья, оснащенная самолетами Jaguar SN и BN, Майдугури
• Три учебно-боевые эскадрильи, Macchi MB-339AN в Калабаре и L-39МS и L-59МS в Сокото и Кадуне, возможно сведены в одну с базированием в Макурди
• Полк транспортной авиации (C-130 Hercules, C-130H-30 Hercules, Aeritalia G222, Cessna Citation 2, Grumman Gulfstream 2 и 4 , Dassault 900 и др.) с основной базой в Лагосе, но имеющий эскадрильи в Кано, Майдугури и Макурди
• Эскадрилья связи (Dornier Do-128-6, Do-228)
• Эскадрилья легких транспортных самолетов в Кадуне
•  Учебная эскадрилья в Кадуне (Airbeetle, Bulldog)

Армейская авиация

• Эскадрилья транспортных вертолетов и вертолетов поддержки в Кадуне
• Эскадрилья ударных вертолетов (Ми-35, MBB Bo-105D, SA300, AS332)

Пограничная служба 

• Эскадрилья пограничной службы (Dornier Do-228-100) 

Авиация ВМФ 

• 101 эскадрилья морской авиации, два вертолета Westland Lynx Мk89, базируются либо на фрегате Араду, либо в Нэвитауне, Оджо.
• Эскадрилья морской разведки (Fokker F27 Maritime Hercules)
  

Однако в реальности такое деление вряд ли соблюдается. ВВС Нигерии особенно сильно пострадали от режима санкций. Вести какую-либо статистику по числу самолетов и вертолетов ВВС достаточно сложно, так как нет точных данных об их техническом состоянии. Кроме того, оспаривается собственность ряда машин (Jaguar, Bo155). Официально большинство самолетов уже выработали свой ресурс, и значительная часть из них считается списанными. Так, во время миротворческой операции в Сьерра-Леоне функции поддержки с воздуха выполняла вероятно единственная полностью боеспособная эскадрилья франко-германских учебно-боевых самолетов Alpha Jet. Переброску личного состава к месту боевых действий осуществляли американцы, так как из 8 C-130, только 1 находится в полностью рабочем состоянии 15.