Это небольшое африканское государство получило независимость от Франции в ноябре 1960 года. Тогда же было сформировано и авиационное подразделение, состоящее из одного С-47 и двух Бруссардов, подаренных французским правительством. Эти транспортные самолеты летали с единственного аэродрома в стране - в столице Нуакшот ( к слову сказать это был единственный международный аэропорт).

Через несколько лет это небольшое подразделение получили гордое название ВВС, однако основными задачами оставались транспортные перевозки и связь. До 1970 года - когда началась подготовка местных летных кадров - летчиками были французы, заключившие контракты с правительством. К 1970 году количество "Дакот" возросло до шести, также появилось и несколько Бруссардов. Однако в этом году были закуплены шесть учебных МС.881.

В начале 70-х произошла первая крупная реорганизация: С-47 были сведены в Escadrille de Transport а Бруссарды - в Escadrille de Liaison ( усиленную в 1971-73гг. семью купленными в Нигерии "Скаймастерами".
В 1974 году были закуплены также два С-54, а в ноябре следующего года в подразделения стали поступать новенькие "Скайвэны". Эти британские самолеты с укороченным взлетом и посадкой стали незаменимыми и долгое время составляли основу транспортного парка ВВС страны. В 1974 году для перевозки официальных лиц была закуплена "Каравелла".

Однако даже такие небольшие ВВС оказались втянутыми в боевые действия, дело в том, что после того как Испания освободила в 1974 году свою колонию - Испанскую Сахару - эта территория была оккупирована Мавританией и Марокко. Однако местное население, объединенное в Фронт Полисарио, начало активные боевые действия. Их борьбу поддерживала Ливия и Алжир.

Для противоповстанческих операций Мавритания купила в 1976 году четыре "Дефендера", которые стали идеальным решением проблемы. Эти транспортные самолеты имели мощный радар и богатое подвесное вооружение, состоящее из орудий и НУР. Всего было куплено 9 самолетов этого типа, сведенных в Escadrille de Surveillance. Однако хорошо вооруженные повстанцы смогли нанести ощутимые потери небольшой мавританской авиации: так только в 1976 году было сбито два "Дефендера". Поставки дополнительного количества Цессна О-2 не решили проблемы. Рассматривались варианты закупки в Аргентине  специализированного штурмовика "Пукара", однако правительственные чиновники решили потратить средства на закупку четырех "Буффало" канадского производства. Причем эти самолеты находились в совместном управлении как ВВС так и армии. В 1978 году впервые были закуплены вертолеты - это стали четыре Хьюз-500.

Боевые действия повстанцев настолько угрожали правительству, что для борьбы с ними были привлечены французские "Ягуары", которые нанесли несколько полномасштабных ударов по местам сосредоточения основных сил Полисарио.

Однако конец затяжной войне положил военный переворот 7 июля 1978 года, в результате чего новое правительство заключило мирный договор. Боевые действия закончились в августе 1979 года.

На сегодняшний день основными функциями ВВС Мавритании остаются все те же транспортные перевозки, а также патрулирование границ, как морских так и сухопутных. В 1981 году на вооружение поступили два Пайпера ПА-31, специально приспособленные для долговременного патрулирования.

В 2000 году были куплены четыре легких штурмовика SF-260EU, что позволило снять с вооружения старые BN-2A Defender и FTB 337F. Этот вариант  SF-260 позволяет нести до 300 кг боевой нагрузки. Большой проблемой остается транспортная составляющая, так как страна достаточно большая, коммуникации не развиты. "Рабочими лошадками" на данный момент являются два Y-12 и один Turbo-67. Единственный тяжелый самолет Y-7 , закупленный в Китае в 1997 году был потерян в аварии уже в следующем году.