История ВВС этой небольшой центральноамериканской страны началась в середине 20-х годов, когда в Англии было закуплено два Бристоля Ф-2В. Только 10 апреля 1931 года конгресс страны торжественно провозгласил создание ВВС. В 1933 году командующим ВВС стал генерал Кариас Андино. При нем было закуплено 3 самолета Стинсон. 14 сентября 1939 года состоялся первый выпуск из 9 пилотов национальных ВВС. Один из них, второй лейтенант Гуиллермо Флорас, стал первым пилотом, налетавшим 20 тысяч часов в воздухе. Он закончил свою летную карьеру в звании майора в конце 80-х годов. К тому времени в его летной книжке было записано 40 тысяч часов налета.

Впервые в боевых условиях ВВС применялись в июле 1969 года, когда разгорелся конфликт с соседним Сальвадором. Во время этой войны, более известной как "футбольная", на вооружении ВВС состояли С-47, АТ-6 "Тексан" и истребители Ф4У "Корсар". ВВС Сальвадора были лучше вооружены, имея большое количество Р-51 "Мустанг" и "Корсар". Результаты боевых действий оцениваются по-разному.

В середине 70-х ВВС получили первые реактивные самолеты: ими стали Ф-86 "Сейбр" канадского производства и учебные Т-33 американского. Впоследствии было закуплено еще четыре Ф-86К, ранее состоявшие на вооружении ВВС Венесуэлы. Однако самолеты были в плохом состоянии и летали весьма редко. Первые из 18 штурмовиков А-37Б "Дрэгонфлай" прибыли в 1975 году. Все реактивные самолеты бвзировались на авиабазу Сан Педро Суда. В это же время стали прибывать и вертолеты "Ирокез". В конце 70-х-начале 80-х взоры гондурассцев обратились на Ближний Восток, в частности на Израиль. В 1976-80 годах на вооружении ВВС поступили 16 "Супер Мистеров" В. 2, ранее состоявших на вооружении в Израиле. Евреи модифицировали эти ударные самолеты, заменив французские двигатели на американские. Кроме того, самолеты могли нести УР "Шафрир" израильского производства. Вместе с ними было закуплено два транспортных самолета IАI-201 "Арава" и единственный IАI-1124 "Уэствинд" (использовавшийся для перевозок ОВП).

Полученные "Супер Мистеры" базировались на новой базе - Ла Гейба. К этому моменту "Сейбры" уже были сняты с вооружения. В 80-х ВВС тоже не оставались без дела: повстанцы с соседнего Сальвадора частенько пересекали границу, кроме того, ВВС поддерживали действия "контрас", боровшихся с коммунизмом в Никарагуа.

Причем пилоты "Супер Мистеров" действовали как против наземных частей,так и против их авиации. Например, 13 сентября 1984 года во время боев недалеко от города Халапа одному из летчиков удалось сбить пушечным огнем никарагуанский Ми-8.

После завершения в 1990 году гражданской войны в Никарагуа напряженность на границе стала спадать и "Саары" (а именно такое наименование получили самолеты в Израиле) стали подниматься все реже и реже.

Сейчас ВВС Гондураса выполняют другую задачу, а именно борьба с легкомоторынми самолетами, перевозящими наркотики. В связи с этим связывают и планы модернизации ВВС. Так, в 1998 году руковод ство ВВС приняло решение ввести в строй 11 "Сааров", снятых с вооружения в 1996 году. По проекта в модернизации этих самолетов должны будут участвовать (и по всей видимости уже участвуют) израильские фирмы.

Супер Мистер ВВС Гондураса 1976 год.

Дальнейшее развитие ВВС связывается именно с США и их кредитами на борьбу с наркомафией. Сейчас работу перехватчиков выполняют около десятка закупленных в 1987 году Ф-5Е "Тайгер".