Родился 14 сентября 1922 г. в  д. Слутка Новгородского района ныне Новгородской области в семье рабочего.

В РККА с марта 1940 г. окончил Сталинградскую военную авиационную школу в 1942 г. Участник Великой Отечественной войны. В действующей армии с апреля 1943 г. заместитель командира эскадрильи 402-го иап 256-й иад 16-йвоздушной армии 1-го Белорусского фронта ст. лейтенант Шпуняков за время боевых действий на Кубани совершил 15 боевых вылетов, провел 4 воздушных боя. Ведомым пары на самолете Як-1 на 4-м Украинском фронте совершил 147 успешных боевых вылетов провел 17 воздушных боев, в которых сбил лично 10 самолетов противника. На 3-м Белорусском фронте С. П. Шпуняков совершил 79 боевых вылетов, провел 7 воздушных боев, сбил один самолет противника. На 1-м Белорусском фронте он совершил 94 боевых вылета, провел 23 воздушных боя, в которых сбил 4 самолета противника. Всего с апреля 1943 г. по 9 мая 1945 г. С. П. Шпуняков совершил 335 успешных боевых вылетов, из них на прикрытие боевых порядков своих войск - 225. Провел 51 бой, в которых сбил 15 самолетов противника (по другим данным - 16). Был ведомым командира авиакорпуса Е. Я. Савицкого.

Звание Героя Советского Союза присвоено 15 мая 1946 г. Окончил Высшие офицерские летно-тактические курсы в 1945 г., Военно-воздушную академию - в 1955 г. Командовал полком.

С 1969 г. полковник Шпуняков в запасе. Проживал в г. Одессе. Работал в окружном Доме офицеров, начальником аэропорта. С 1995 г. проживал в Новгороде. Был председателем областного благотворительного фонда "Победа".

Умер 2 января (по другим данным - 16 февраля) 2004 г. Похоронен на аллее Героев на Западном кладбище г. Великого Новгорода.

Награжден орденом Ленина, двумя орденами Красного Знамени, двумя - Отечественной войны I ст., тремя - Красной Звезды, медалями.

СПИСОК ПОБЕД АСА
 

№	Вид	Дата	Тип сбитого	Часть
1.	личная	25.09.43	Хе-111	402 иап
2.		07.10.43	Хе-111
3.		22.11.43	ФВ-190
4.		24.01.44	Ю-52
5.		10.02.44	Ме-109
6.		25.02.44	Ю-87
7.		25.02.44	Ю-87
8.		13.03.44	Ме-109
9.		14.03.44	ФВ-190
10.		09.04.44	ФВ-190
11.		11.04.44	Ю-87
12.		28.07.44	ФВ-190
13.		16.01.45	ФВ-190
14.		17.02.45	ФВ-190
15.		11.03.45	Ме-109
16.		15.03.45	ФВ-190