Родился в 1911 году в Ижевске.

Войну начал в 1941 году, был комиссаром 247-го истребительного авиаполка, а к 1944 году  командовал 152-м гвардейским истребительным полком. По собственным словам лично сбил 26 самолетов противника, еще 3 в группе. Удостоен звания Герой Советского Союза.

В июне 1944 года был сбит. Вот как он сам вспоминал: "До победы оставалось всего ничего, шел июнь 44-го года. Погода в тот июньский день была пасмурная, высота облачности 600≈800 метров, видимость около двух километров. Вылетели мы на разведку шестеркой истребителей в район города Яссы, на территорию Румынии. Только отразили атаку четырех ⌠мессеров■, как из-за облаков на нас восемь ⌠фоккеров■ выскочило... Подбили машину фрицев и сами попали под ураганный огонь зениток. Один из снарядов угодил под мотор моего самолета. Машина загорелась...В горящем самолете, получив два осколочных ранения в левый пах и правую ногу, я пытался дотянуть до расположения наших войск... Искал какой-нибудь военный объект ≈ хотел спикировать на него горящий самолет, но ничего подходящего на земле не заметил. Когда на мне загорелась одежда и начало обжигать тело, на высоте 500≈600 метров я выпрыгнул с парашютом. Как приземлился ≈ помню смутно■.

На мгновение он отчетливо увидел румынских солдат, еще пытался сопротивляться, когда чьи-то руки в копоти срывали с него награды, стягивали с запястья часы, и потерял сознание. Так позже рассказывал другу Меркушев. Затем два месяца в госпитале военнопленных в румынском городе Бакэу, где Меркушеву лечили ожоги на ногах и лице, раны на ноге и в паху.

В кармане гимнастерки немцы нашли у Василия Меркушева партбилет, удостоверение личности, где было указано, что его обладатель является командиром 152-го гвардейского истребительного авиаполка. Тут же лежало удостоверение о присвоении звания Героя Советского Союза, удостоверение о награждении орденом Ленина и орденом Красного Знамени и блокнот с записями, которые характеризовали боевую работу полка.

⌠Записной книжкой я пользовался постоянно, в ней были записаны позывные всех радиостанций на участке фронта. У наших летчиков вошло в привычку ≈ ничего не оставлять перед вылетом. Личный состав с презрением относился к тем офицерам, которые перед вылетом на боевое задание снимали ордена, выкладывали документы. Таких офицеров считали трусами■.

 Спустя полтора месяца Меркушева вызвали на допрос. Задумав бежать, оттягивая время, он подтвердил сведения, отмеченные у него в записной книжке. Но подписывать свои показания летчик отказался, за что и был отправлен в гестапо.

"Три недели я провел в одиночной камере, ≈ изложено дальше в протоколе допроса. ≈ Допрашивали меня ≈ пять раз. Обвинив в подготовке побега, фрицы избили меня прикладами винтовок и сапогами. В сутки я получал 2 стакана воды и 200 г хлеба и стал настолько истощен, что не мог самостоятельно передвигаться. В этом состоянии я подписал все свои ранее данные показания■.
Русского летчика сочли благонадежным и отправили в Германию, в лагерь города Бухау.

⌠В январе 1945 года меня перевели в лагерь военнопленных города Вайдан. 22 апреля нас освободили из лагеря американские войска■.
"После освобождения я прорывался к линии фронта в группе летчиков, ≈ вспоминал Василий Меркушев. ≈ Все они когда-то попали в плен, как и я, в бессознательном состоянии после катапультирования. Ползли мы к своим под минометным огнем. На привалах, прячась с подполковником Константином Пильщиковым под вывороченными с корнями соснами, мы мечтали, как попадем в родную часть... Спустя две недели в районе города Хемниц мы вышли на нашу кавалерийскую часть. Радости было не передать словами...
Родину бывшие военнопленные увидели, как и Германию, через колючую проволоку.

С 31 мая до ноября 1945 года был в 32 запасном стрелковом полку на станции Алкино Куйбышевской железной дороги■. И приписка, многое проясняющая: ⌠Проходил государственную проверку■.

Осенью победного 45-го года подполковник Василий Меркушев прошел проверку и был направлен для прохождения дальнейшей службы во 2-ю воздушную армию в Австрию, в район города Вены. Служил Василий Афанасьевич в истребительной авиации старшим инспектором по технике пилотирования.

В июне 47-го года он получил назначение в Хабаровск. А еще через полтора года из Америки были переправлены трофейные документы немецких разведывательных органов.
Среди прочих бумаг был обнаружен протокол допроса Василия Меркушева за номером 322 от 26 июля 44-го года, из которого следовало, что он подробно рассказал немцам о прохождении своей службы в Советской армии, о боевом пути своего полка, о наличии и месте дислокации двадцати восьми истребительных и штурмовых авиаполков. Назвал известный ему командный и офицерский состав перечисленных авиачастей и авиасоединений, дал оценку боевым качествам самолетов истребителей ⌠Як-1■, ⌠Як-3■, ⌠Як-9■.
Немецкие разведорганы дали следующую оценку летчику: ⌠Военнопленный Меркушев является интеллигентным и хорошо образованным человеком. Поведение корректное военное, строгое и скромное. Нужно принять во внимание, что он благодаря своему военному обучению может дать важные показания за рамками этого допроса...■

Ордер на арест подполковнику Василию Меркушеву предъявили прямо за праздничным столом. В гарнизонном клубе трофейный аккордеон едва заглушал завывавшую за окном метель. Военный городок под Хабаровском праздновал главный праздник года ≈ День Советской армии и Военно-воздушных сил. Шел 1949 год. И вдруг захмелевшие летчики увидели, как люди в форме куда-то уводят заместителя командира авиадивизии.

В постановлении на арест Василия Меркушева было написано: ⌠Выдал важные сведения государственной военной тайны■.

Отсидел в Усольском исправительно-трудовом лагере 5 лет 4 месяца и 8 дней.

Освободили из-под стражи Василия Меркушева по амнистии 1 июня 1954 года. Восьмое управление Генштаба Министерства обороны СССР посчитало, что ⌠сведения, полученные немцами от Меркушева, не представляли никакой ценности...■.

Он умер на родине, в Ижевске, в 1974 году.

В 2002 году в рамках Закона РФ ⌠О реабилитации жертв политических репрессий■ Главная военная прокуратура РФ приняла решение о полной реабилитации Меркушева.