Евгении Петрович Федоров родился в 1911 году в городе Стрельна Ленинградской области. По национальности русский. Член КПСС с 1932 года. В Советской Армии с 1930 года.

Во время советско-финляндского вооруженного конфликта Е. П. Федоров успешно произвел 24 боевых вылета, за что Указом Президиума Верховного Совета СССР от 7 апреля 1940 года удостоен звания Героя Советского Союза.

В период Великой Отечественной войны он командовал подразделениями и частями бомбардировочной авиации. Командовал эскадрильей 98 апдд, 750 (3 гв.) апдд, был зам. командира 2 аддд. В сентябре 1942 г. участвовал в налёте на Берлин. Он 178 раз вылетал на бомбежку крупных вражеских объектов.

29 июня 1945 года Е. П. Федоров удостоен второй медали "Золотая Звезда". Он награжден также многими орденами и медалями.

После войны был на командных должностях в высших военных учебных заведениях. С 1967 года генерал-майор авиации Е. П. Федоров находится в запасе. До последнего времени работал в Ленинградском аэропорту.