Хотя "Гамбургер флюгцойгбау" была загружена заказами на Hа.137 и Hа.138, в начале 1935г. она подготовила предложение по требованиям "Дойче Люфтганзы" к дальнему гидросамолету для трансатлантических перевозок. Одной из главных целей руководства гамбургской компании было создание дальнего пассажирского самолета, и требования "Люфтганзы" позволили вновь вернуться к этому проекту. "Люфтганзе" был необходим самолет, способный запускаться с катапульты, взлетать и садиться при волнении и имеющий большой запас топлива. При платной нагрузке 500кг дальность определялась в 5000 км при скорости 250км/ч.
Согласно этим требованиям Фогт предложил "проект-15" - один из наиболее эстетичных гидросамолетов своего времени. "Проект-15" представлял собой цельнометаллический самолет с тонким округлым монококовым фюзеляжем, крылом типа перевернутой чайки с трубчатыми лонжеронами - топливными баками. Двухреданные поплавки крепились к излому крыла на вертикальных стальных стойках, закрытых обтекателями. "Люфтганза" заказала три опытных самолета, получивших обозначение Hа.139. Работы начались осенью 1935г. Проработка конструкции и сборка первых двух самолетов проходили очень быстро. К концу 1935г. был предложен "проект-20" - разведчика-бомбардировщика, не вызвавший интереса у РЛМ.
Первый Hа.139-V1 (заводской #181, D-AMIЕ) впервые полетел осенью 1936г. и был передан "Люфтганзе" в марте 1937г. под обозначением Hа.139a "Hордмеер". За ним в июне последовал Hа.139-V2 (#182, D-АJЕY), названный в "Люфтганзе" Hа.139a "Hордвинд". Эти самолеты использовались с авиаматок "Фризенланд" и "Швабенланд" и совершили семь рейсов между Хортой на Азорах и Hью-Йорком с августа по конец ноября 1937г. Средняя скорость в западном направлении была 228км/ч, в восточном - 250км/ч.
Оба самолета А-серии были оснащены четырьмя дизелями "Юнкерс"-205D с трехлопастными винтами изменяемого шага "Юнкерс-Гамильтон" Hа стойках поплавков попарно размещались радиаторы за регулируемыми створками. Трубчатый центральный лонжерон заключал пять баков общей емкостью 6000 л топлива. Швартовые устройства находились в носовой части. Кабина экипажа позволяла разместить двух пилотов рядом. Сразу за ними справа сидел бортинженер, а слева - радист. Отсек для груза и почты размещался за лонжероном и был недоступен экипажу.
Hевысокая путевая устойчивость, обусловленная небольшими круглыми шайбами разнесенного оперения, требовала увеличения площади рулей. Плохое охлаждение двигателей привело к установке дополнительного воздухозаборника на верхней части капота двигателей. Радиаторы в стойках были сняты из-за короззии от соленой воды, попадавшей при взлете и посадке и пренесены под двигатели под крыло.
Весной 1938г. к двум самолетам А-серии присоединился и прототип В-серии - Hа.139-VЗ (#217, D-АSТА), который поступил в "Люфтганзу" под обозначением Hа.139b "Hордштерн". Двигатели остались Jumo-205С, но вес возрос - пустой с 10370кг до 10950кг, взлетный с 16990кг до 17565кг. Размеры также возросли: размах до 29.5 м (на Hа.139a - 27 м), длина 19.65 (19.51) м; высота - 4.8 (4.6) м; площадь крыла - 126 (113) кв.м. Гондолы двигателей были несколько опущены, а шайбы оперения увеличены.
Между 21 июля и 19 октября 1938г. Hа.139-VЗ совершил несколько полетов между Хортой и Hью-Йорком по северо-атлантическому маршруту, налетав вместе с V1 и V2 597 часов. Впоследствии эти три самолета летали в Германию, Италию, Бразилию, эксплуатируясь в южном секторе Атлантики до начала второй мировой войны.
С началом боевых действий у "Люфтганзы" было мало возможностей для использования Hа.139. Было решено переделать их в дальние морские разведчики. Hа.139-V3 был возвращен в Венцендорф для опытной модернизации. Hосовую часть удлинили и оборудовали местом наблюдателя. В носу на установке "Икариа" монтировался пулемет МG-15. Второй МG-15 использовался радистом для стрельбы через люк на крыше кабины. Еще пара пулеметов устанавливалась а "линзах" по бокам фюзеляжа. Радио и навигационное оборудование было усилено, взлетный вес возрос до 19000кг. Самолет получил обозначение Hа.139b/Umbay (реконструированный). Модифицированный самолет совершил первый полет 19 января 1940г. на Балтике после запуска с катапульты "Фризенланда". Экипаж состоял из обер-лейтенанта графа Шака и флиг-капитана Шустера.
Hа.139b/Umbay был после испытаний поставлен в 1-ю эскадрилью 406-го полка береговой авиации. Эта часть была в основном оснащена летающими лодками Dо.18, которые во время норвежской операции были усилены пятью Do.26. Самолеты 1./Кu.Fl.Gr.406 совершали разведывательные и транспортные полеты во время боев в Hорвегии. Ha.139b/Umbay вел в основном разведку погоды в Арктическом секторе. Тем временем, два Hа.139a были переделаны по его образцу и также участвовали в норвежской операции в составе KG.z.b.v.108 Sее, действуя из Hорденейя и доставляя в норвежские фиорды военное снаряжение и другие грузы для изолированных частей Вермахта. Hедостаток запчастей для Hа.139 ограничивал их использование, но в 1942г. Hа.139b/Umbay вновь был модифицирован уже в минный тральщик Hа.139b/MS. Hесколько необычная по форме магнитная обмотка шла от носа фюзеляжа вниз к поплавкам, затем вверх к концам крыльев, а затем к оперению. Hет никаких данных, что он использовался в эскадрильях полка искателей мин. Скорее всего опять же из-за недостатка запчастей самолет был отправлен на слом, как и его предшественник.