Флот долго не мог решить, какой из машин отдать предпочтение. Свидетельством тому является телеграмма Дудорова в Главное управление кораблестроения от 19 ноября 1916 г: "Ввиду происходящих споров о качествах одноместного и двухместного аппаратов, а также невозможности точно определить сравнительные их качества, прошу для Балтийского моря изготовить 50% одноместных истребителей и 50% двухместных из общего заказа с моторами".

М-12 испытал летчик А.Н.Прокофьев-Северский. При той же максимальной скоростью, что и у М-11 он имел лучшую скороподъемность.  Выпущен в конце 1916 года. С сентября 1916 г. по май 1917 г. морское ведомство получило 61 гидросамолет М-11 и М-12, из них 26 летали на Черном море, около 20 - на Балтике.