В конце 1918-го и в начале следующего года было сделано 40 двухместных CL.I. 

А повоевать им все-таки пришлось. С января 1919 года в Прибалтике сражался с наступавшей Красной армией немецкий добровольческий корпус генерала фон дер Гольца, набранный из бывших фронтовиков и остзейских немцев.

Центральной базой авиаполка стал аэродром в Виндаве (ныне Вентспилс), где со времен Первой мировой войны сохранились огромные эллинги для дирижаблей. Заксенберговцы использовали их в качестве самолетных ангаров. Из Виндавы, а также с нескольких прифронтовых площадок немецкие летчики совершали свои боевые вылеты. Насколько известно, они потеряли в боях, по крайней мере, два "Юнкерса" CL.I, которые стали трофеями Красной армии. Один из них сел на вынужденную за линией фронта из-за технических неполадок, а другой (неисправный и разукомплектованный) был просто брошен при отступлении на аэродроме "Альт-Ауц" под Ригой.

Оба самолета вывезли в Москву для тщательного изучения. Некоторое время они хранились в ангарах на Ходынском аэродроме, затем их отправили на авиасвалку, а потом - в переплавку. Еще один экземпляр CL.I в исправном состоянии достался Латвии после ухода немцев из Риги. Его отремонтировали и включили в состав латышской военной авиации. Эта машина летала с красными свастиками (опознавательный знак латвийских ВВС) до середины 1921 года, пока ее не разбили в аварии.

В начале 20-х годов несколько экземпляров разоруженных "юнкерсов" CL.I использовались в Германии для курьерских и почтовых перевозок. У одного из них заднюю кабину прикрыли обтекаемым колпаком с иллюминаторами, повысив таким образом уровень комфорта для единственного пассажира и улучшив аэродинамику машины. В марте 1919 г. этот самолет, оборудованный двигателем "Даймлер" D Ilia, открыл регулярное воздушное сообщение по линии Веймар - Дессау, став первым в мире цельнометаллическим почтово-пассажирским самолетом. Летом того же года машина получила бортовой код D-77. Она находилась в эксплуатации до 1925 года.