Первое время ночные истребители действовали в составе эскадрильи (Staffel), приданной к полку дневных истребителей (Tag Jagd). Такой статус например имела 10.(N)/JG2 или 10.(N)/JG26. 18 февраля 1940 года был сформирован первый дивизион (Gruppe) ночных истребителей, состоявший из трех эскадрилий. Новый дивизион получил обозначение IV.(N)/JG2. В его состав входили 10.(N)/JG2, 11.(N)/JG2 и 12.(N)/JG2. IV./JG2 подчинялся командованию не JG2, a JG1, дислоцированного в Йевере. Одновременно расформировывались существовавшие к тому времени эскадрильи, а личный состав расформированных частей направлялся в IV./JG2 или в истребительно-бомбардировочную авиацию (Zerstoeren).
Летом 1940 года началось формирование первых полков ночных истребителей (Nacht Jagdgeschwader - NJG). Полки состояли из дивизионов, а дивизионы из эскадрилий. Структура полков постоянно менялась, поскольку многократно производили переподчинение целых дивизионов от одного полка к другому.
Типичный полк ночных истребителей состоял из трех дивизионов. Однако случалось, что в полку их было четыре или даже пять (NJG1). Формировались также штабные части полков и дивизионов. По своей численности штабы иногда соответствовали эскадрильям.
В каждой эскадрильи находилось от 9 до 15 самолетов (встречались отступления от этих цифр), в каждом дивизионе, обычно, было по три эскадрильи, хотя встречались дивизионы, состоящие из двух и даже одной (NJG2). Такова была структура частей, оснащенных двухмоторными самолетами.
Части (JG300, 301 и 302), оснащенные одномоторными самолетами (Bf.109 и Fw.190), по штату совпадали с полками дневной авиации, но по сравнению с фронтовыми полками имели меньше дивизионов и эскадрилий.
На Восточном фронте в подчинении руководства воздушных флотов (Luftflotte) экстренно формировались звенья ночных истребителей (Nachtjagd Schwarm), а в конце войны в Норвегии была сформирована отдельная эскадрилья ночных истребителей (Nachtjagd Staffel Norwegen).
Кроме линейных частей существовали и учебные полки (NJG101 и NJG102) предназначенные для пополнения потерь боевых полков. Помимо обучения, эти полки часто участвовали в боевых вылетах.
NJG1 - 2311 воздушных побед (день + ночь),
NJG2 - около 815 воздушных побед,
NJG3 - около 820 воздушных побед,
NJG4 - 579 воздушных побед,
NJG5 - около 850 воздушных побед,
NJG6 - около 400 воздушных побед,
NJG101 - около 200 воздушных побед,
NJG102 - около 50 воздушных побед,
NJG100, 200, отдельные части ночной истребительной авиации на Восточном фронте одержали около 1000 воздушных побед,
JG300, 301, 302, NJGr10, NJGr11 (одномоторные самолеты) записали на свой счет около 400 воздушных побед.